| Big Lake | Bethel (CA), AK | 9.4 miles | NW |
| Tishimna Lake | Bethel (CA), AK | 17 miles | SE |
| Tundra Lake | Bethel (CA), AK | 36.5 miles | SE |
| Kutokbuna Lake | Bethel (CA), AK | 39.9 miles | SE |
| Trout Lake | Bethel (CA), AK | 40.9 miles | SE |
| Chineekluk Lake | Bethel (CA), AK | 41.8 miles | SW |
| North Lime Lake | Bethel (CA), AK | 43.6 miles | SE |
| South Lime Lake | Bethel (CA), AK | 45.3 miles | SE |
| East Lime Lake | Bethel (CA), AK | 46.6 miles | SE |
| Tevyaraq Lake | Bethel (CA), AK | 48.3 miles | SW |
| Salmon Berry Lake | Bethel (CA), AK | 53.8 miles | SE |
| Hidden River Lake | Bethel (CA), AK | 66.8 miles | SE |
| Whitefish Lake | Bethel (CA), AK | 70.3 miles | SE |
| Lake September | Dillingham (CA), AK | 72.1 miles | SE |
| Kolmakof Lake | Bethel (CA), AK | 75.6 miles | NW |
| Half Cabin Lake | Lake and Peninsula, AK | 76.3 miles | SE |
| Tutna Lake | Lake and Peninsula, AK | 92.1 miles | SE |
| Wilson Lake | Yukon-Koyukuk (CA), AK | 93.5 miles | NE |
| Two Lakes | Bethel (CA), AK | 99 miles | SE |
| Reindeer Lake | Yukon-Koyukuk (CA), AK | 99.1 miles | NW |
| Telaquana Lake | Bethel (CA), AK | 99.3 miles | SE |
| Snipe Lake | Lake and Peninsula, AK | 99.8 miles | SE |
| Joe Nort Lake | Lake and Peninsula, AK | 103.6 miles | SE |
| Turquoise Lake | Lake and Peninsula, AK | 103.7 miles | SE |
| Nishlik Lake | Dillingham (CA), AK | 104.2 miles | SW |
| Fishtrap Lake | Lake and Peninsula, AK | 105.2 miles | SE |
| Nikabuna | Lake and Peninsula, AK | 105.5 miles | SE |
| Nikabuna Lakes | Lake and Peninsula, AK | 106.6 miles | SE |
| Smittys Lake | Yukon-Koyukuk (CA), AK | 107.7 miles | NE |
| Slate Lake | Dillingham (CA), AK | 108.5 miles | SW |
| Upnuk Lake | Dillingham (CA), AK | 108.8 miles | SW |
| Long Lake | Lake and Peninsula, AK | 109 miles | SE |
| Aniak Lake | Dillingham (CA), AK | 110.5 miles | SW |
| Twin Lakes | Lake and Peninsula, AK | 111.2 miles | SE |
| Lachbuna Lake | Lake and Peninsula, AK | 113.5 miles | SE |
| Kijik Lake | Lake and Peninsula, AK | 114.6 miles | SE |
| North Fork Lakes | Dillingham (CA), AK | 116.4 miles | SW |
| Portage Lake | Lake and Peninsula, AK | 116.7 miles | SE |
| Salmonberry Lake | Yukon-Koyukuk (CA), AK | 117 miles | NE |
| Tikchik Lakes | Dillingham (CA), AK | 117.7 miles | SW |
| Chikuminuk Lake | Dillingham (CA), AK | 118.2 miles | SW |
| Lake Clark | Lake and Peninsula, AK | 118.5 miles | SE |
| Otter Lake | Lake and Peninsula, AK | 120.1 miles | SE |
| Kisaralik Lake | Dillingham (CA), AK | 122.2 miles | SW |
| Shageluk Lake | Yukon-Koyukuk (CA), AK | 124.1 miles | NW |
| Kontrashibuna Lake | Lake and Peninsula, AK | 127.2 miles | SE |
| Gold Lake | Dillingham (CA), AK | 129.9 miles | SW |
| Cascade Lake | Dillingham (CA), AK | 132.3 miles | SW |
|